Od nálezu Ústavního soudu z roku 2011 (sp. zn. I. ÚS 3244/09) platilo, že pokud finanční úřad neukončí nalézací řízení v zákonné lhůtě, považuje se daň za „konkludentně“ stanovenou a plátci se vyplatí požadovaná částka, typicky nadměrný odpočet DPH. Cílem bylo, aby poplatník nedoplácel na nečinnost státu. sbirka.nssoud.cz

Rozhodnutím rozšířeného senátu NSS sp. zn. 1 Afs 231/2022‑44 ze dne 12. března 2025 se tento princip ruší. Po uplynutí lhůty již „nelze daň stanovit – ani v neprospěch, ani ve prospěch poplatníka“. Nárok se tak přesouvá do civilního procesu podle zákona o odpovědnosti za škodu způsobenou při výkonu veřejné moci. EY US

Co se mění v praxi

  1. Konec automatických přeplatků

    • Finanční správa už po lhůtě nevyplatí „nespornou“ část DPH.

  2. Nová povinnost žalovat stát

    • Poplatník musí podat žalobu na náhradu škody u civilního soudu.

  3. Delší a dražší cesta

    • Dvojí řízení (daňové + civilní) znamená další právní služby, soudní poplatky, možné znalecké posudky i úroky z prodlení.

  4. Cash‑flow riziko

    • Peníze zůstávají státu často několik let, což zvlášť malé firmy může existenčně ohrozit.

  5. Odpovědnost státu

    • Úspěšné žaloby mohou i s úroky výrazně prodražit státní rozpočet; motivují však úřady pracovat bez průtahů.

Pozitiva nové úpravy

Právní čistota | Logicky navazuje na zásadu, že po prekluzi už daň nelze stanovovat – ani mínusem.
Motivace k rychlejší činnosti úřadů | Hrozba nákladných žalob má přinutit správce daně hlídat si termíny.
Jasnější hranice pro prekluzi | Výklad NSS sjednocuje rozpornou judikaturu posledních let a vrací přehlednost do sporu o běh lhůt.
Negativa a rizika

Negativní přínos pro firmy a stát


Zvýšení nákladů justice | Civilní soudy dostanou stovky nových žalob, na které nejsou kapacitně připraveny.
Cash‑flow výpadek hlavně u SME | DPH je pro malé firmy často „levným úvěrem“. Nový režim může řadu z nich zatlačit do bankovních overdraftů.
Potenciální otupení tlaku na úřady | Paradoxně může část správců daně ztratit motivaci konat včas, když už jim za zmeškanou lhůtu nehrozí povinnost peníze vyplatit.
Jak se bránit a co hlídat

  1. Evidence všech úkonů

    • Pečlivě archivujte doručenky, zápisy z kontrol a veškerou korespondenci – bude klíčová v civilním sporu.

  2. Aktivní procesní obrana

    • Při první známce průtahu podávejte stížnosti podle § 261 daňového řádu, žádejte přiznání úroku z prodlení a log aktivních kroků úřadu.

  3. Posudek škody už během řízení

    • Nečekejte na promlčení: počítejte úroky a náklady, připravte ekonomický rozbor cash‑flow dopadu.

  4. Zvažte předžalobní výzvu

    • Ministerstvo financí někdy odškodní dobrovolně, pokud je důkazní situace jednoznačná (ochránce práv již potvrdil úspěšné případy).

  5. Alternativní financování

    • U vysokých částek je možné využít litigation‑funding nebo factoring sporných pohledávek, aby firma nečekala na výsledek letitého sporu.

Co bude dál?

  • Legislativní reakce? – Ministerstvo financí může čelit tlaku podnikatelských svazů na úpravu daňového řádu a zavedení „zrychleného“ odškodňovacího mechanismu.

  • Metodické pokyny GFŘ – Finanční správa slíbila novou metodiku k běhu prekluzivních lhůt do léta 2025.

  • První žaloby – Průlomové rozsudky civilních soudů ukážou, zda se skutečně vyplatí bojovat; verdikt ochránce práv naznačuje, že šance tu je.

Rozhodnutí NSS dává státu silnější pozici proti nevyjasněným či fiktivním nárokům, ale zároveň přehazuje důkazní i finanční břemeno na podnikatele. „Konec daňových úniků“ z titulu marné lhůty možná skutečně přijde, ovšem za cenu složitějších a dražších sporů – a hlavně za cenu likvidity firem, které si DPH nárokují poctivě. Jak se v novém prostředí neztratit? Klíčové je nenechat se uspat průtahy, hlídat termíny a být připraven vést druhé kolo boje na civilním soudě.

(V článku byly využity veřejně dostupné informace z databáze rozhodnutí NSS a z Tax Alertu EY k rozsudku 1 Afs 231/2022‑44.)